INICIALMENTE, Anajatuba foi uma aldeia de índios. Durante o período colonial, os silvícolas foram-se afastando em razão das perseguições movidas pelos colonos, que se fixaram na região, a procura de lugares apropriados a criação do gado.
Em 1854, Anajatuba foi elevado a categoria de Vila e Sede do Município, desmembrado do de Itapecuru-Mirim. Suprimido no ano de 1933, seu território foi anexado ao do município de Rosário, até 1935, quando se restabeleceu a autonomia.
Há controvérsias quanto à origem do topônimo. Alguns afirmam ser formado das palavras brasílicas, anajá = espécie de palmeira e tuba = freqüência, abundância e significar anajazal - lugar abundante de anajás. Para outros, provém dos vocábulos da língua tupi, anajá ou inajá, significando árvore de inajá.

Possui uma diversificação muito ampla sobre a maneira cultural popular, que inclui festanças religiosas, a culinária e até as mais singelas transmutança, período em que é feito o transporte do gado da área alta seca para terrenos mais baixos e úmidos.
Os morros do Rosário, Pacoval, da União e o Igarapé da Assutinga, fazem de Anajatuba, uma rica opção para o turismo ecológico, sendo cercada pelos campos de vegetação alagada. Além disso a vista da Igreja Matriz em frente ao campo alagado torna-se o cartão postal da cidade.Sem falar na Praça Cívica.
Outras atrações são os festejos da Padroeira Nossa Senhora do Rosário (em novembro), o Festival do Caranguejo, o Carnaval, as Festas Juninas e o Festejo de São Benedito (de 01 a 6 de Janeiro).

A economia de Anajatuba é agrária, com a produção de arroz, milho e mandioca. A pecuária é composta pela criação de bovinos e bubalinos. Os produtos exportados são arroz em casca, babaçu, milho e gado bovino.

Em sua maior parte é cercada por terrenos alagadiços, denominados campos que cercam sua sede e povoados, os quais se alagam no inverno, ficando navegáveis em canoas, e no verão ficam quase que totalmente secos, com exceção dos igarapés.